令和4年度からの組織図
市議会
| 議会 | 事務局 | 庶務係 |
市長部局
| 市長 | 副市長 | 総務部 | 政策総合戦略室 | ||
| 総務課 （選挙管理委員会事務局） |
総務係 人事係 秘書広報係 |
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| 企画財政課 | 財政係 企画調整係 管財契約係 |
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| 防災情報課 | 防災交通係 | ||||
| 阿蘇山上事務所 | |||||
| 情報管理室 | 情報係 | ||||
| 税務課 | 資産税係 市民税係 収税係 地籍係 |
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| 内牧支所 | 総務振興係 市民係 |
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| 波野支所 | 総務振興係 市民係 |
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| 市民部 | 市民課 | 戸籍係 生活衛生係 |
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| 人権啓発課 | 人権啓発係 | ||||
| コミュニティーセンター | |||||
| カルデラＡＳＯ | |||||
| 福祉課 （福祉事務所） |
総合福祉係 保護係 子育て支援係 |
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| 生活相談センター | 生活相談係 | ||||
| 保育園 | 坂梨保育園 山田保育園 乙姫保育園 波野保育園 |
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| 子育て支援センター | |||||
| ほけん課 | 高齢者支援係 介護保険係 国保・年金係 |
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| 健康増進課 （子育て世代包括支援センター） |
保健予防係 母子保健係 |
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| 経済部 | 農政課 | 農業振興係 畜産林業係 農村整備係 |
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| 観光課 | 観光企画係 観光振興係 |
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| まちづくり課 | 地域振興係 商工物産係 |
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| 土木部 | 建設課 | 管理係 道路河川係 |
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| 住環境課 | 都市・環境係 公営住宅係 |
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| 上下水道課 | 水道管理係 水道工務係 下水道係 |
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| 会計管理者 会計課 | 会計係 | ||||
公営企業
阿蘇医療センター
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病院事業管理者 （院長） （副院長） |
診療部 （医局） |
脳神経外科 内科 循環器内科 小児科 整形外科 消化器外科 歯科口腔外科 |
| 医療技術部 | 放射線室 検査室 リハビリテーション室 臨床工学室 栄養管理室 | |
| 薬剤部 | 薬局 | |
| 看護部 | 2階病棟 救急外来 3階病棟 4階病棟 手術室・中央材料室 外来 透析室 外来化学療法室 健診室 |
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| 医療安全管理部 | 医療安全管理室 感染防止対策室 | |
| 地域医療連携部 | 医療連携室 入退院支援室 | |
| 在宅医療サポートセンター準備室 | ||
| 事務部 | 総務課 医事課 | |
| 波野診療所 | 歯科 内科 整形外科 | |
教育委員会
| 教育長 | 教育部 | 教育課 | 総務係 学務係 社会教育係 社会体育係 | |
| 図書館 | 一の宮図書館 阿蘇図書館 | |||
| 学校給食センター | 阿蘇学校給食センター 波野学校給食センター |
その他の行政委員会
| 監査委員 | 事務局 | 庶務係 |
| 農業委員会 | 事務局 | 農地調整係 |
| 選挙管理委員会 | 事務局 | 選挙係 |
| 固定資産評価審査委員会 | 書記 |