令和２年度からの組織図
市議会
| 議会 | 事務局 | 庶務係 |
市長部局
| 市長 | 副市長 | 総務部 | 総務課 （選挙管理委員会事務局） |
総務係 人事係 | |
| 情報管理室 | 情報係 | ||||
| 財政課 | 財政係 管財契約係 | ||||
| 政策防災課 | 秘書広報係 政策推進係 防災交通係 |
||||
| 阿蘇山上事務所 | |||||
| 税務課 | 資産税係 市民税係 収税係 地籍係 |
||||
| 内牧支所 | 総務振興係 市民係 | ||||
| 波野支所 | 総務振興係 市民係 | ||||
| 市民部 | 市民課 | 生活衛生係 戸籍係 | |||
| 生活相談センター | 生活相談係 | ||||
| 人権啓発課 | 人権啓発係 | ||||
| コミュニティーセンター | |||||
| カルデラＡＳＯ | |||||
|
福祉課 |
総合福祉係 保護係 子育て支援係 |
||||
| 保育園 | 坂梨保育園・山田保育園 乙姫保育園・波野保育園 |
||||
| 子育て支援センター | |||||
| ほけん課 （子育て世代包括支援センター） |
高齢者医療係 介護保険係 国保・年金係 | ||||
| 健康増進室 | 保健予防係 母子保健係 | ||||
| 経済部 | 農政課 | 農業振興係 畜産林業係 農村整備係 |
|||
| 観光課 | 観光企画係 観光振興係 | ||||
| まちづくり課 | 商工物産係 地域振興係 | ||||
| 土木部 | 建設課 | 管理係 道路河川係 建築営繕係 |
|||
| 住環境課 | 都市・環境係 住宅係 下水道係 |
||||
| 会計管理者 会計課 | 会計係 | ||||
公営企業
阿蘇医療センター
|
病院事業管理者 （院長） （副院長） |
診療部 （医局） |
脳神経外科 内科 循環器内科 小児科 整形外科 消化器外科 歯科口腔外科 |
| 医療技術部 | 放射線室 検査室 リハビリテーション室 臨床工学室 栄養管理室 | |
| 薬剤部 | 薬局 | |
| 看護部 | 2階病棟 救急外来 3階病棟 4階病棟 手術室・中央材料室 外来 透析室 外来化学療法室 健診室 |
|
| 医療安全管理部 | 医療安全管理室 感染防止対策室 | |
| 地域医療連携部 | 医療連携室 入退院支援室 | |
| 在宅医療サポートセンター準備室 | ||
| 事務部 | 総務課 医事課 | |
| 波野診療所 | 歯科 内科 整形外科 | |
水道局
| 水道課 | 管理係 工務係 内牧分室 波野分室 |
教育委員会
| 教育長 | 教育部 | 教育課 | 総務係 学務係 社会教育係 社会体育係 | |
| 世界文化遺産推進室 | 世界文化遺産推進係 | |||
| 図書館 | 一の宮図書館 阿蘇図書館 | |||
| 学校給食センター | 阿蘇学校給食センター 波野学校給食センター |
その他の行政委員会
| 監査委員 | 事務局 | 庶務係 |
| 農業委員会 | 事務局 | 農地調整係 |
| 選挙管理委員会 | 事務局 | 選挙係 |
| 固定資産評価審査委員会 | 書記 |